從1997到2000年共有15隻玉山國家公園的臺灣黑熊被裝上無線電項圈，目擊黑熊的事件非常多，有證據證明尚有300隻臺灣黑熊存在。從1979年開始臺灣黑熊正式被列入保護動物。但盜獵可能沒有因此禁絕，對台灣黑熊的危害依然存在。當年捕捉到的15隻黑熊中，由於盜獵陷阱有8隻喪失了腳趾或是腳掌。
從1999年至2007年間，臺灣黑熊依中華民國《文化資產保存法》列入瀕危動物或珍貴稀有動物，之後在農委會公告的《保育類野生動物名錄》中屬於「瀕臨絕種野生動物 」[11]。在國際上，亞洲黑熊屬《瀕臨絕種野生動植物國際貿易公約》（CITES）的附錄I，禁止國際間對這個物種任何產品與任何形式的交易[12]、也是世界自然保護聯盟的《IUCN紅色名錄》易危物种[13]。
族群移動方式與分佈調查
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屏東科大黑熊研究團隊自2008年起，就陸續將野外之黑熊，以捕捉方式進行形質測量與DNA建檔、用戴頸圈方式，偵測其族群移動方式與分佈，倘若發現受傷黑熊，還能及時救治處理[14][15][16]。
現存數量估算：
資料累計自2009年至2014年間：
DNA分析（個體鑑別－玉山國家公園範圍）：139隻。
捕捉繫放（大雪山區域）：8隻。
以捉放法方式去估算現存數：約200隻左右（600隻－研究者表示應是高估的狀態）。
中途照養、人為照護及野放山林
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中途收容：
當急需暫時性的人類照護（降低人為接觸、不讓人與食物印象產生連結，臨野放前須作"趨避訓練"）、並靜待評估下一步處理與方向（例：野放或圈養）。處理方式：規劃一獨立空間（野場），利遠離圈養個體，避免嗅覺、視覺之可及因素，以降低彼此干擾因素。
野放（優先考量）：
野放地點考量：1.遠離人群。2.食物充足。3.評估預野放區域，其熊個體數量、密度多寡，野放後對當地族群基因之影響。當確定適合地點後，再決定後續運輸模式，4.野放後之追蹤時效（歷四季監測較理想且完整）。
圈養（最終選擇）：
永久性收容（地點為低海拔試驗站，適用無法再回返野外生存之個體，施以與野放、中途照護相反模式處理）。
易產生之缺點（倘若環境與空間處理不當，則易出現動物刻板行為模式，嚴重時將自殘[17][18]）。為避免出現動物刻板行為，除提高黑熊們生活環境豐富化。在2017年，特生中心亦針對每隻黑熊個體特性，進行個別化動物行為的訓練，以提升身心健康[19]
實際案例：
中途收容：
1976年（民國65年），花蓮縣豐山村一婦人意外收養到一隻小台灣黑熊（當時誤將小熊當成狗仔飼養，收容了為期一年多，因其體型愈養愈大，脾性也愈大愈兇，後擔心其若逃離牢籠後會誤傷到鄰里而棄養之）[20]。
2022年4月12日，早年編號為「711」之公台灣黑熊，改以新編號「568」再度重新野放（預計野放至海拔1,380公尺之原始闊葉林）。
野放：
2019年4月30日，「南安小熊（Buni）」（2018年7月走失）歷經各方團隊協助，最終野放花蓮縣卓溪鄉山林中。同年6月29日（野放小熊後的第二個月），於一處山岩大崩壁芒草基部乾燥處，發現野放小熊自動脫落的衛星訊號追蹤頸圈，追蹤團隊觀察周遭生活環境，預判野放效果成功。
2020年5月17日，臺東林管處於中央山脈深處，野放一隻年前（2019年7月27日）與母熊走散的小母熊（廣源小熊－Mulas），其歷經了約十個月的野放訓練後，才達到野放標準[21][22]。2021年6月，臺東林管處運用衛星發送卸除頸圈指令訊號，解除Mulas頸上追蹤頸圈[23]。
圈養：
臺北動物園（計有10隻左右）、六福村、屏科大、壽山動物園與特生中心各自均有圈養黑熊（大都以教育展示為主），南投特生中心則位處山林內，目前育有7隻來自各方收容的黑熊[24]
建立基因資料庫
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臺灣大學動物科學技術學系朱有田教授，利用屏東科技大學野生動物研究所，黃美秀研究團隊所提供(多年蒐集)的臺灣野外黑熊排遺，建立起臺灣第一座野外黑熊基因資料庫。利用排遺裡的DNA，建立臺灣黑熊族譜關係與親子鑑定，自2009年至2019年止，已建立157隻野外黑熊基因遺傳樣本。此舉可避免台灣黑熊因近親繁殖，導致族群數量逐年縮減(易引發隱藏性基因缺陷及疾病)[25]。
未來計畫（細胞複製再生計畫），當必要時，可取出液態氮（零下196度C）低溫冷凍之活細胞，以細胞複製再生技術，複製出台灣黑熊。